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擴(kuò)增子測(cè)序

擴(kuò)增子測(cè)序是對(duì)特定長(zhǎng)度的PCR產(chǎn)物或捕獲的片段進(jìn)行測(cè)序，分析序列中的變異。
16S/18S/ITS等擴(kuò)增子測(cè)序即通過(guò)提取環(huán)境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴(kuò)增16S/18S/ITS的目的區(qū)域，通過(guò)檢測(cè)目的區(qū)域的序列變異和豐度，以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。
16S/18S rDNA為編碼原/真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。ITS分為兩個(gè)區(qū)域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。

擴(kuò)增子測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：

采用目前Illumina HiSeq最長(zhǎng)測(cè)序平臺(tái)，可以滿足16S 1~2個(gè)高變區(qū)的測(cè)序分析。3天內(nèi)同時(shí)完成3,000個(gè)16S樣本的測(cè)序，測(cè)序準(zhǔn)確度較MiSeq平臺(tái)提高10%，而拼接效率較MiSeq平臺(tái)提高25%，以此獲得更全面的菌群信息。

擴(kuò)增子測(cè)序操作步驟：

1、研究對(duì)象的選?。?/span>

2、提取基因組DNA，DNA濃度需要達(dá)到5ng/ul,總量需要大于等于150ng;

3、構(gòu)建PCR-free文庫(kù)；

4、PE250測(cè)序;

5、信息分析 分析內(nèi)容=標(biāo)準(zhǔn)分析+高級(jí)分析，基于目的區(qū)域的測(cè)序，檢測(cè)序列豐度，以充分研究環(huán)境微生物多樣性和群落差異性。

服務(wù)周期：

45天左右

宏基因組測(cè)序

宏基因組學(xué)（Metagenomics），又稱元基因組學(xué)，是由 Handelman 提出的一種直接對(duì)微生物群體中包含的全部基因組信息進(jìn)行研究的手段，以特定生境中的整個(gè)微生物群落為研究對(duì)象，采用高通量測(cè)序技術(shù)，獲得環(huán)境微生物基因組信息總和，以研究環(huán)境微生物的群落結(jié)構(gòu)、物種分類(lèi)、系統(tǒng)進(jìn)化、基因功能以及代謝通路等。之后 Kevin 等對(duì) Metagenomics 進(jìn)行了定義，即“繞過(guò)對(duì)微生物個(gè)體進(jìn)行分離培養(yǎng)，應(yīng)用基因組學(xué)技術(shù)對(duì)自然環(huán)境中的微生物群落進(jìn)行研究”的學(xué)科。它規(guī)避了對(duì)樣品中的微生物進(jìn)行分離培養(yǎng)，提供了對(duì)無(wú)法分離培養(yǎng)的微生物進(jìn)行研究的途徑，避免了實(shí)驗(yàn)過(guò)程中由環(huán)境改變引起的微生物序列變化所帶來(lái)的偏差。
近年來(lái)，隨著測(cè)序技術(shù)和信息技術(shù)的快速發(fā)展，利用新一代測(cè)序技術(shù)（Next Generation Sequencing）研究 Metagenomics，能快速準(zhǔn)確的獲得大量生物數(shù)據(jù)和豐富的微生物研究信息，從而成為研究微生物多樣性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物與人類(lèi)疾病健康關(guān)系的人體微生物組計(jì)劃，研究全球微生物組成和分布的全球微生物組計(jì)劃都主要利用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行研究。

產(chǎn)品特色

1.微生物無(wú)需分離培養(yǎng)，且通過(guò)該技術(shù)可以客觀還原微生物菌群結(jié)構(gòu)
宏基因組測(cè)序技術(shù)，無(wú)PCR擴(kuò)增環(huán)節(jié)，可以避免非特異性擴(kuò)增問(wèn)題，并且可以完整呈現(xiàn)微生物菌群的結(jié)構(gòu)。
2.在客觀還原菌群結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，同時(shí)可以對(duì)群落微生物的功能進(jìn)行研究
基于16S核糖體的微生物多樣性研究方法，可以基于物種豐度進(jìn)行功能豐度的預(yù)測(cè)，但是不能更進(jìn)一步探究微生物的具體功能。而傳統(tǒng)的微生物基因組方法，也需要構(gòu)建大量的克隆篩選文庫(kù)，才能獲得微生物的功能基因。
宏基因組測(cè)序可以直接基于環(huán)境中的所有微生物的基因序列，進(jìn)行微生物的基因相關(guān)功能研究。

操作流程：

• 樣本制備
• 樣本DNA提取
• DNA檢測(cè)
• 文庫(kù)構(gòu)建
• 文庫(kù)檢測(cè)
• 上機(jī)測(cè)序

樣本要求

常見(jiàn)環(huán)境樣本（請(qǐng)使用干冰運(yùn)輸）

土壤、淤泥、沉積物>=5g；糞便>=2g；組織樣本>=1g

水體送樣為過(guò)濾后的濾膜（最適濾膜直徑3-4cm）

DNA樣本（請(qǐng)使用干冰寄送）

樣品濃度>=50ng/ul

樣品總量>=1.6ug

威斯騰實(shí)驗(yàn)服務(wù)流程

威斯騰生物服務(wù)項(xiàng)目

【本平臺(tái)合作項(xiàng)目】
分子生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、基因敲出/入、模式動(dòng)物、SPF動(dòng)物保種、病理學(xué)檢測(cè)、免疫學(xué)檢測(cè)、影像學(xué)檢測(cè)、原代培養(yǎng)、細(xì)胞藥篩、CRISPR/Cas9基因編輯、基因芯片、高通量測(cè)序、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)、高通量高內(nèi)涵篩選、藥效學(xué)評(píng)價(jià)、藥理毒理學(xué)實(shí)驗(yàn)、慢病毒包裝與穩(wěn)轉(zhuǎn)株建立、SiRNA與納米載藥、ChIP、CO-IP、生物信息學(xué)分析、知識(shí)產(chǎn)權(quán)服務(wù)！
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