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ChIP-seq測序

    ChIP-seq采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沉淀后，分離與其結(jié)合的基因組DNA片段，并通過高通量測序，在全基因組范圍內(nèi)尋找目的蛋白特異結(jié)合的DNA位點，且可基于多個樣品進行差異比較分析及特異蛋白結(jié)合位點的序列偏好性分析。

ChIP-seq優(yōu)勢：

用于在全基因組范圍中研究蛋白特異結(jié)合的DNA片段，組蛋白修飾和表觀遺傳修飾的技術(shù)，研究這三個主題有助于洞悉蛋白對基因表達的調(diào)控以及染色體的功能結(jié)構(gòu)。具有“覆蓋全，周期快，分析科學”的優(yōu)勢，已廣泛應用于人、小鼠、酵母、水稻、擬南芥等物種的研究。

ChIP-seq操作步驟：

1、研究對象的選?。?/span>

2、提取DNA樣本，DNA量≥20ng;

3、ChIP-seq文庫構(gòu)建；

4、PE150測序（10-20Mb）;

5、信息分析，通過對IP下來的合格DNA樣本，建庫測序，獲得高質(zhì)量reads，根據(jù)SCC曲線判斷IP效果，通過motif分析判斷IP的特異性以及分析的可信性，高效預測相關(guān)基因，進行功能富集分析、預測特異蛋白的功能，組蛋白染色體結(jié)合圖譜以及DNA的表觀修飾。

服務周期：

50天

案例分析

案例：雌***受體結(jié)合異常與乳腺癌臨床試驗的相關(guān)性研究
雌***受體（ER）可與相關(guān)基因結(jié)合形成復合體并移位到細胞核結(jié)合下游基因激活它們轉(zhuǎn)錄，為腫瘤生長助力。在許多乳腺患者體內(nèi)，就是因為該受體影響了基因的功能，從而引發(fā)致癌連鎖反應?，F(xiàn)在常用的***等乳腺癌治療藥物，就是通過阻斷雌***受體對基因的作用而發(fā)揮效果。但在不少患者身上，這種藥物的效果并不理想。本研究基于高通量平臺的染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ChIP-seq全基因組范圍內(nèi)尋找ER結(jié)合位點，從而鑒定雌***結(jié)合模式是否在患者腫瘤中存在差異。

circRNA測序

環(huán)狀 RNA（circRNA）是一類特殊的 RNA 分子，也是 RNA 領(lǐng)域的研究熱點。與傳統(tǒng)的線性 RNA（linear RNA，含 5’和 3’末端）不同，circRNA 分子呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)，不受 RNA 外切酶影響，表達更穩(wěn)定，不易降解。近幾年的研究表明，circRNA 在生物的生長發(fā)育、疾病的發(fā)生發(fā)展、對外界環(huán)境的抵御等方面具有重要的調(diào)控作用。由于 circRNA 的閉合環(huán)狀特性，通過去除 total RNA 中的 rRNA 和線性 RNA 分子，可以特異地富集 circRNA 分子后測序，更有針對性地分析受檢樣本中特定的 circRNA 譜、circRNA 剪接模式、組間差異和分子功能等。

服務特色

• 應用范圍廣：可以檢測幾乎任何動植物的 circRNA
• 環(huán)狀 RNA 全覆蓋：高深度覆蓋，可以檢測到低豐度的 circRNA
• 生物信息學分析：強大的生物信息學團隊，提供circRNA 鑒定、circRNA 功能預測、circRNA 分子標志物篩選等深入分析易讀性強的數(shù)據(jù)報告

推薦測序模式

• Hiseq X Ten，PE150
• 推薦10 Gb/樣本

威斯騰實驗服務流程

威斯騰生物服務項目

【本平臺合作項目】
分子生物學、細胞生物學、基因敲出/入、模式動物、SPF動物保種、病理學檢測、免疫學檢測、影像學檢測、原代培養(yǎng)、細胞藥篩、CRISPR/Cas9基因編輯、基因芯片、高通量測序、蛋白組學、代謝組學、高通量高內(nèi)涵篩選、藥效學評價、藥理毒理學實驗、慢病毒包裝與穩(wěn)轉(zhuǎn)株建立、SiRNA與納米載藥、ChIP、CO-IP、生物信息學分析、知識產(chǎn)權(quán)服務！
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