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SWATH（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ions）是瑞士蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院的 Ruedi Aebersold 博士及其團(tuán)隊與 AB-SCIEX 于 2012 年聯(lián)合推出的一項全新的質(zhì)譜采集模式技術(shù)。SWATH技術(shù)具有靈敏度高，重現(xiàn)性強(qiáng)，準(zhǔn)確度高，高通量，線性動態(tài)范圍大等優(yōu)點(diǎn)。傳統(tǒng)的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式為數(shù)據(jù)依賴型（Data-dependent acquisition，DDA）采集方式也叫做 Shot-gun 法，在一級質(zhì)譜掃描中，根據(jù)母離子的強(qiáng)度高低來選擇母離子進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜的掃描，得到二級譜圖在蛋白數(shù)據(jù)庫進(jìn)行搜索。這種掃描方式會丟失大量有用的譜圖，同時重復(fù)性較差。

SWATH 采集模式是一種新型的 MS/MS 掃描技術(shù)，屬于數(shù)據(jù)非依賴型采集方式（Data-independent acquisition，DIA）。DIA按照設(shè)定的方法，將所有的母離子都進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜掃描。SWATH 根據(jù)酶解肽段的質(zhì)荷比和洗脫時間來設(shè)計采集二級譜圖的離子窗口。以掃描范圍 400～1200 為例，m/z 25 作為一個掃描間隔（SWATH），每個 SWATH 掃描時間設(shè)定為100ms，那么該掃描范圍累計需要 32個掃描窗口，完成一次掃描僅需要 3.2秒。

SWATH流程圖如圖所示，分為以下幾個步驟：

1）蛋白質(zhì)的提取，酶解和純化。

2）酶解后的肽段進(jìn)行 shotgun檢測，用 proteinpilot進(jìn)行數(shù)據(jù)庫檢索，得到蛋白定性

3）根據(jù) shotgun 的檢測結(jié)果，確定 SWATH 的掃描間隔等質(zhì)譜參數(shù)，進(jìn)行樣本的 SWATH檢測，每個樣本重復(fù)檢測3次。

4） 用shotgun 的檢索結(jié)果建立離子譜圖庫，SWATH樣本檢測到的譜圖信息使用Peakview在離子庫中進(jìn)行蛋白的匹配和定量信息的提取。

5）將Peakview導(dǎo)出的蛋白結(jié)果導(dǎo)入到 Makerview進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，得到蛋白定量結(jié)果。

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