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轉(zhuǎn)錄組測序是基于HiSeq平臺，對待特定組織或者細(xì)胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的所有mRNA進(jìn)行測序，即可研究已知基因，亦能發(fā)掘新基因，全面快速地獲得mRNA序列和風(fēng)度信息。

技術(shù)路線

案例分析

案 例 通過RNAseq技術(shù)全面解析乳腺癌組織中的可變剪切形式

乳腺癌組織由特定形式的轉(zhuǎn)錄本發(fā)揮特殊功能，本研究應(yīng)用RNAseq技術(shù)獲得了三種典型乳腺癌組織TNBC、non-TNBC和HER2陽性乳腺癌的轉(zhuǎn)錄本信息。該研究發(fā)現(xiàn)了新可變剪切形式和可變剪切后的新轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，乳腺癌組織與正常乳腺組織在轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平和啟動子轉(zhuǎn)移水平存在顯著差異，并RT-PCR驗(yàn)證CDK4，LARP1 , ADD3和PHLPP2等轉(zhuǎn)錄本形式。該研究第一次系統(tǒng)研究了不同亞型乳腺癌組織轉(zhuǎn)錄本利用可變剪切形式和轉(zhuǎn)錄本特異表達(dá)的情況。

圖1 三種亞型乳腺癌中可變剪切形式統(tǒng)計(jì)

參考文獻(xiàn)

Eswaran J, Horvath A, Godbole S, et al. RNA sequencing of cancer reveals novel splicing alterations [J]. Scientifc reports, 2013, 3.

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